Clima acestui spatiu montan este influentata de pozitie (fiind situata pe traiectoria circulatiei vestice), altitudinile modeste si fragmentarea reliefului. Altitudinile induc, pentru o mare parte a zonei montane, un climat de dealuri, climatul montan reducandu-se ca areal doar la zona centrala.

Muntii Apuseni se remarca prin cantitatea mai mare de precipitatii fata de regiuni cu altitudini similare datorita expunerii vestice: in Bihor-Vladeasa-Muntele Mare cad peste 1.200mm/anual (in Vladeasa chiar peste 1.300mm, fiind unul dintre arealele cele mai ploioase din tara).

Depresiunile-golf din partea de vest au fenomene de inversiuni termice, iar in partea de sud-est se formeaza vanturi de tip foen. Pe ansamblul lor, Muntii Apuseni au un climat cu influente oceanice.
Raurile principale cu izvoare in Muntii Apuseni sunt: Somesul Mic (format din Somesul Cald si Somesul Rece), raurile din bazinul Crisurilor (Barcau, Crisul Repede cu Iada si Dragan, Crisul Negru, Crisul Alb), Aries si Ampoi, afluentii directi ai Muresului.

Exista cateva lacuri in depresiuni carstice (Varasoaia) si lacuri hidroenergetice (Fantanelele si Tarnita, pe Somesul Cald). Apele subterane au acumulari mari in zonele carstice. La Moneasa, Geoagiu Bai si Vata de Jos exista izvoare termale.

Vegetatia, fauna si solurile pe fondul spatiului zonal au o dispunere verticala. Predomina padurile de fag, in amestec cu cele de stejar (in zonele joase) si conifere (la 1.200-1.400m); padurile de conifere ocupa altitudinile mai mari (1.400-1.800m).

Fauna naturala, mai bine pastrata ca in alte regiuni, are specii legate de etajele de vegetatie. Predomina cambisolurile (soluri brune si brune acide) pe cea mai mare intindere, in depresiuni apar si soluri argiloiluviale, iar la mari inaltimi (peste 1.600m) apar si spodosoluri.

Rezervatiile naturale mai cunoscute sunt: Cetatile Ponorului, Scarisoara, Vadu Crisului (rezervatii speologice), Ighiu, Detunate, Dealu cu Melci, Bratca (rezervatii geologice si paleontologice), Intregalde (rezervatie floristica, unde floarea de colt se afla la cea mai mica altitudine).

Muntii Apuseni au resurse variate: minereuri de fier, carbuni inferiori, minereuri complexe si auroargintifere, mercur, molibden, bauxita, roci de constructie, pasuni, paduri, hidroenergie, ape termale si un potential turistic deosebit.